《海贼无双4》以“四代海贼王：决战巨头”为主题，讲述了草帽海贼团和四皇白胡子海贼团激战的故事。故事中，草帽海贼团来到了新世界，开始了一段新的冒险。在不断的战斗中，他们结识了众多强力的敌人和盟友，终于来到了四皇白胡子海贼团的领地——新世界最大的城镇水之都。
草帽海贼团VS四皇白胡子海贼团
在水之都，草帽海贼团与四皇白胡子海贼团展开了最终的激战，两支海贼团的决斗焦点是名叫“巨头”的巨大怪物。草帽海贼团为了阻止巨头的暴走，不惜与四皇白胡子海贼团展开激烈的战斗，同时也想要保护好同伴。在战斗中，草帽海贼团遭遇了诸多瞬间生死危机，其中最让人感动的是乔巴对船长路飞的坚定支持。
白胡子之死
在草帽海贼团同四皇白胡子海贼团的战斗中，白胡子海贼团团长爱德华·纽盖特在与黑胡子海贼团的战斗中中枪而亡。虽然纽盖特在临死前委托草帽海贼团照顾好自己的儿子——海贼王亚斯塔，但是一直被纽盖特保护的鱼人岛仍然非常伤心。最终，草帽海贼团用众人之力阻止了黑胡子海贼团的侵略，守卫了新世界的和平。
新世界的进一步冒险
草帽海贼团赢得了战争的胜利，但是他们必须为了成为真正的海贼王而继续向前。在新世界，有更多的海贼人物和敌人等待着他们，他们将继续闯荡江湖。在新的冒险中，草帽海贼团会有哪些挑战和困难等待着他们，是否能够一路高歌猛进，成为最强的海贼团？这一切都需要等待时间的检验。
